环保PPP项目在建设运营过程中仍存在诸多问题，， PPP项目往往长达二三十年，如同政府与企业的一场婚姻。结婚后，必然会遇到各种各样的问题，PPP项目在日后的运营和维护过程中，也会遇到各种各样的问题，绝不是当初一纸合同就能全部解决的。这需要政府和企业进行多次谈判。
1、汇津中国(长春)污水处理有限公司
上世纪90年代初，我国城市化进程很快，而财政无力支付巨额基础建设资金，纷纷引入境外投资者并承诺固定回报，原本低回报，以稳定见长的水务在我国渐成暴利行业。为此，国务院于1998年下发了《国务院办公厅关于妥善处理现有保证外方投资固定回报项目有关问题的通知》，对此类问题作出了禁止性规定。然而在《通知》发出2年后，汇津长春项目还能获得审批立项，说明地方政府可能在报批过程中打了“擦边球”，有关部门也涉嫌监管不力。
作为国内首家合资公用事业项目，长春市排水公司于2000年初与香港汇津公司合资建立汇津(长春)污水处理有限公司(即汇津长春)，合同期限为20年。同年7月，市政府制定了《长春汇津污水处理专营管理办法》。2000年底，项目投产并正常运行。然而从2002年开始，排水公司就拖欠汇津长春污水处理费，而从2003年3月起停止付费。为解决争议，汇津公司邀请吉林省外经贸厅出面调解，在调解会上汇津公司得知市政府已于2003年2月废止了《专营办法》。汇津公司认为《专营办法》是政府为支持项目而做出的行政许可和行政授权，废除《专营办法》等于摧毁了项目运营基础。在多次调解无果的情况下，汇津公司于2003年8月向长春市中院起诉长春市政府，而长春市政府认为汇津与市排水公司所签订的《合作经营合同书》是一份不平等合约，废止《专营办法》是为了贯彻《国务院办公厅关于妥善处理现有保证外方投资固定回报项目有关问题的通知》，属于依法行政。败诉后汇津公司又上诉至吉林省高院，期间汇津长春停产，数百万吨污水直接排入松花江，是为轰动一时的“汇津事件”。经过近两年的法律纠纷，最终长春市政府将汇津长春回购。
2、西宁市第一污水处理厂
2008年，鹏鹞环保以1.8亿元价格，通过TOT招标，入主西宁市第一污水处理厂项目，并与政府签署《委托运营协议》，负责西宁第一污水厂的运营服务、升级改造，及二期工程。后二期工程改为西宁市第三污水厂项目，由鹏鹞集团和政府共同投资，鹏鹞环保为第三污水厂工程总包商和后期运营商。但双方合作并不愉快。2013年，因为西宁政府长期拖欠水费，鹏鹞集团向中国国际经济贸易仲裁委员会提请仲裁并胜诉，西宁市排水公司和西宁市水利局共支付鹏鹞环保一、三污水厂欠费3300多万元，及违约金370多万元。2014年12月开始，因西宁第一、三污水厂出水超标，西宁市环保局向水厂发出数张共计数百万元罚单。鹏鹞环保解释，进水超标主要因为进水严重超标，同时导致水厂工艺受损、设备被破坏等。并就此向西宁环保局提请申诉，并请西宁水务局协同沟通。
3、太平污水处理厂
据清华同方一位行政人员介绍，根据合同，在特许经营期内太平污水处理厂每处理1吨污水，哈尔滨市政府要支付0.598元的污水处理费。“这几年企业都正常运转，但是哈尔滨方面支付的污水处理费不及时，据不完全统计至今已经拖欠了一亿六七千万元。”
在此背景下，哈尔滨市政府决定将文昌污水处理厂转让给清华同方，以此冲抵政府拖欠清华同方的污水处理费，以及未来一段时间的污水处理费。但据透露，这还不足以冲抵运营期内所有的污水处理费，其余的污水处理费还将由政府支付一部分。
4、兰州威立雅水务水污染事件
不久前，兰州市威立雅水务集团公司检测显示出厂水苯含量、自流沟苯含量远超出国家限值的10微克/升，导致兰州主城区的城关、七里河、安宁、西固四区居民生活用水停供4天，后经查明系兰州石化管道泄漏所致。
看似偶然，实则必然。一方面，兰州威立雅每年的投入预算很低，几乎无法维持供水系统正常运转。技术设施疏于维护保养，才导致如此严重的水污染事件。另一方面，当初威立雅为获得45%的股权已经付出了极高的投标价，而兰州水价4年来一直未涨，公司处于亏损状态，无力也不愿出资维护更新设施，这些风险当初是否被合作双方考虑到，反映在合同当中，并约定分担解决机制，这不仅是威立雅的事，更需要兰州市政府反思。